Der 1. FC Magdeburg wurde am 22.12.1965 durch die Ausgliederung der Fußballabteilung aus dem SC Magdeburg gegründet. Wie man am Emblem unschwer erkennen kann, sind die Vereinsfarben, welche auch in der Satzung des Vereins festgeschrieben sind Blau und Weiß.

Seit 2016 zählt der 1. FCM offiziell 4000 Mitglieder.

Ausser in der Saison 1966/67 spielte der FCM von 1960 bis 1991 in der DDR-Oberliga, also der höchsten Klasse der DDR. 3 Mal wurde unser Verein DDR-Meister und holte 7 Mal den nationalen Vereinspokal. Damit ist der 1. FCM Rekordpokalsieger der DDR.

Der größte Triump des Clubs ist allerdings im Internationalen Fußball zu finden. Am 08.05.1974 gewann der große 1. FC Magdeburg unter Leitung von Trainerlegende Heinz Krügel den Pokal der Pokalsieger (ein internationaler Titel, als einiges Team der DDR). Im Finale in Rotterdam setzte sich der Club gegen Titelverteidiger AC Mailand sensationell mit 2:0 durch. Der AC Mailand wurde zu dieser Zeit von keinem Geringeren als Giovanni Trapattoni trainiert. Erwähnenswert ist ebenso, dass alle Spieler des Clubs aus dem Bezirk Magdeburg stammten.

Nach der Wende konnte man nie wieder an die großen Zeiten anknüpfen und spielte daher von 1991 bis 2015 im regionalen Amateurbereich.

Seit der Saison 2015/16 ist der FCM wieder im Profibereich vertreten. Am 31.05.2015 setzte sich der FCM im Relegationsrückspiel (Hinspiel 1:0 FCM) gegen die Kickers aus Offenbach mit 1:3 durch und konnte dadurch den lang ersehnten Aufstieg in die 3. Liga feiern.